洁净厂房的核心部位是洁净室，洁净空调系统是实现洁净室控制的主要手段，针对多个空气洁净度级别，要对参数进行控制（空气洁净度、风量、风速、压力、温度、湿度、细菌浓度等）。洁净室送风和回风设计是直接影响洁净室洁净环境的重要因素。

1、回风口位置

《医药工业洁净厂房设计规范》GB50457-2008指出：回风口位置宜远离洁净工作台；易产生污染的工艺设备附近应设排风口；有局部排风装置或需排风的工艺设备，宜布置在洁净室下风侧。目前常采用非单向流是洁净室气流组织方式，高效送风口布置顶送（或侧上送）侧下回风；高效送风口布置形式为吊顶均布，或是布置于受保护的工艺生产线上方，回风口布置于侧墙下方。由于送风口的布置是影响房间气流组织及空调参数的主要因素，洁净室回风口布置常存在以下问题：回风口随意布置于空余墙角或墙边，忽略了气流流向对工艺操作面的影响；设计回（排）风口远离产生污染的工艺设备，这些工艺设备产生的污染空气会流到相对洁净区域甚至全洁净室；回风口布置的太少，回风速度偏大，导致全室空气流向一处，必然存在死角，洁净空气难以到达。

2 回风夹道 

因为洁净室造价较高，常出现所预留的空调设计空间较小的情况，所以洁净室空调设计中会出现两相邻洁净室共用同一回风夹道的情况，一般情况下，相邻洁净室压差不同，这样的设计导致相对压力值低的洁净室无法回风，压力高的房间空气压入相对低压力房间，正压值不能准确调试，有序的压力梯度分布保持洁净室的洁净度非常重要，而共用回风夹道的设计和可能引起交叉污染。